Clima
Además de los mares, la Cordillera de los Andes juega también un rol preponderante en la conformación climática de las regiones argentinas y, por este cordón montañoso, la patagonia es una región de clima predominantemente árido y semidesértico.  
Las masas de aire marítimo polar del Pacífico, descargan casi toda su humedad al otro lado de los Andes. El aire subpolar interviene en la formación de las depresiones móviles y penetra desde el sur hasta el norte del país.
En la isla de Tierra del Fuego, por la ubicación cercana al polo sur, en verano hay aproximadamente hasta dieciocho horas de luz, mientras que en invierno hay solo de siete a ocho horas. Los días son claros y brillantes y con  temperaturas no tan bajas como en lugares de igual latitud en el hemisferio norte, debido al carácter insular de la provincia. En otoño se destacan los colores que ofrece el bosque y en primavera el tiempo es inestable. A fines del invierno por el mes de agosto y hasta principio del verano por el mes de enero los vientos crecen en intensidad.

Flora  
En el sector altoandino, por las difíciles condiciones climáticas, la flora de la región solo crece en forma dispersa. Existen pequeñas plantas adaptadas a condiciones rigurosas, como la chaetanthera villosa, que es una flor perfumada con pétalos blancos que crece a los 1800 y 1900 m.s.n.m.  
En la zona del bosque húmedo, crecen grandes árboles como el coihue y la lenga, formando bosques densos, que se tornan de un hermoso rojizo y anaranjado en otoño. El ciprés, se desarrolla en áreas más secas dentro del bosque de transición, y el ñire ocupa diferentes ambientes acompañado por otras especies arbóreas. Finalmente, diversas variedades de pastos duros y pequeños arbustos se hallan en la inmensa estepa que se extiende por esta región.  
En las áreas de bosques valdiviano, húmedo y de transición, se hallan cipreses raulí, coihue y roble pellín; además de abundar el ñire, maitén, amancay, calafate, mutisia, ciprés, araucaria o pehuén, y alerce.  
La araucaria o pehuén, posee una semilla denominada piñón que es rica en proteínas e hidratos de carbono, por lo que constituyó una dieta importante para los conocidos mapuches.  
El alerce o laguen, es una conífera americana que alcanza hasta setenta metros de altura, y posee una excelente calidad de madera.  
Se destacan también los bosques de arrayán o quetri, que poseen árboles de corteza color canela, amarillenta y rojiza, de nueve metros de longitud, con hojas medicinales. Estos árboles son únicos en el mundo, ya que en otros lugares crecen sólo en forma de arbustos.  
La vegetación rala y achaparrada, resulta sorprendente por la capacidad que demuestran las plantas para vivir en condiciones ambientales tan rigurosas; vegetales de muy diversa posición taxonómica adoptan formas compactas, observándose desde cactáceas de grandes flores anaranjadas, hasta géneros de margaritas de colores amarillos y hasta blanco rosados. En los cañadones reparados, crecen arbustos como molles, duraznillos, colapiches y calafates, estos últimos poseedores de frutos carnosos y comestibles.  
Los helechos, musgos, líquenes y hongos abundan en el suelo, entre las ramas y troncos caídos o al pie de los árboles. Entre los hongos, se destaca el llao-llao, que deja abultamientos amarillos anaranjados en las ramas y troncos de los coihues, ñires, lengas y guindos. El liquen, conocido como barba de viejo, es de color blanco verdoso y cuelga de los árboles.

Fauna  
Dentro de la región, en el sector altoandino, se destaca la presencia del majestuoso cóndor, que también es un refugio clave durante el verano para el amenazado huemul o ciervo andino. El área del bosque húmedo y del de transición, se destaca la presencia de mamíferos como el pudú, el gato huiña y el simpático monito de monte. Los anfibios y aves como el carpintero negro, el chucao, el rayadito y la cotorra austral son fáciles de observar. La estepa, pese a la aridez de este ambiente, es apta para guanacos, zorros, pumas y varias especies de lagartijas y roedores, que encuentran un lugar propicio para su desarrollo.  
La fauna fueguina es rica en aves marinas y no tanto en mamíferos terrestres. Se destaca el zorro fueguino, el guanaco, el ciervo colorado, el conejo y el castor.  
Se destacan como animales terrestres la liebre patagónica o mara, el puma, el huemul, las ovejas con las diferentes razas: Rommey Marsh (traída desde Inglaterra en el siglo XIX, posee un vellón abundante y fino), Merino Australiana (Río Negro y Chubut), Merino Argentino (Río Negro y Santa Cruz), Corriedale (introducida desde nueva Zelanda, se ubica en Tierra del Fuego y Santa Cruz), Lincoln (Neuquén, Río Negro y Chubut), Karabul (cuero por la región patagónica)  
La liebre, el ciervo, el jabalí, el guanaco y los ñandúes son la base de ciertas comidas regionales.  
En la región patagónica se destacan los mejores territorios para especies exóticas de caza mayor. Dentro de las especies autóctonas se halla el pecarí labiado, el pecarí de collar, el chancho cimarrón, el carpincho, el puma, el avestruz, las corzuelas, el tapir y el guanaco.  
Entre los animales exóticos de caza menor se destaca la liebre europea, introducida en el siglo XIX, y especies autóctonas como perdices, patos y martinetas.  
El deporte de caza esta permitido por lo general desde el otoño hasta el invierno. Es recomendable dirigirse a las oficinas respectivas de turismo nacional y provincial para las fechas oficiales de apertura y clausura de la temporada.  
La caza de especies autóctonas esta prohibida en Parques nacionales, que a veces dispone de cotos para la caza de animales como el jabalí y el ciervo colorado. En los cotos privados generalmente ubicados en grandes estancias se puede contar con guías y pintorescas cabañas para establecimiento del cazador.  
La temporada de pesca en los lagos y arroyos del sur de la patagonia se inicia en primavera y dura hasta principios de otoño. Las truchas son muy apreciadas, y muchos turistas extranjeros vienen especialmente a pescarlas para disfrutar, además, del espectacular paisaje que pueden contemplar.  
Sin duda las truchas y salmones son las variedades más buscadas. Se destaca el salmón encerrado, la trucha arcoiris, la trucha de arroyo o salmonada, la trucha criolla o perca, y la trucha marrón.  
La fauna, en el sector de los bosques patagónicos, es bastante homogénea a lo largo de todo el bosque subantártico, y cuenta con varias especies cuya supervivencia se ve seriamente amenazada, como el huemul, el pudú, el gato huiña y el huillín, una nutria de la zona. Los depredadores mayores son el puma y el zorro colorado, y entre las aves rapaces se destaca la figura del águila mora y el simpático pájaro carpintero negro, además de un pequeño marsurpial conocido como monito del monte.  
La fauna del sector de la estepa patagónica, tiene especies bien adaptadas a las duras condiciones de la región, como el guanaco, la mara, la liebre patagónica, el piche patagónico, el choique o ñandú petiso, y la martineta común. Los carnívoros mayores son el puma y el zorro colorado, y otros de menor porte como el zorro gris chico y el zorrino patagónico.  
Las aves rapaces incluyen varias especies de frecuente observación, como el aguilucho común, el águila mora y el ñacurutú, una robusta lechuza de plumaje jaspeado. Si bien los ofidios son escasos, resultan comunes las lagartijas diurnas, de la familia de los iguánidos.

Geografía y Relieve

Bosques Andino Patagónicos  
Los bosques Andino Patagónicos son una región natural, que también recibe el nombre de bosques subantárticos. Se distribuye desde el norte de la provincia de Neuquén, prolongándose unos 2.200 km. hasta Tierra del Fuego e Isla de los Estados, en el extremo sur del continente. Constituye una angosta franja con un ancho máximo de 75 km. a lo largo de los Andes Patagónicos.  
En esta área las montañas son mucho más bajas que en el norte de los Andes; es por eso que los vientos provenientes del Océano Pacífico pasan por encima de ellas y al elevarse, se enfrían y precipitan su humedad en forma de lluvias o nevadas.  
Las precipitaciones, que en algunos lugares alcanzan promedios anuales de hasta 4.000 milímetros (por ejemplo en Puerto Blest, en el parque nacional Nahuel Huapi), decrecen abruptamente hacia el este, reduciéndose a tan solo 400 milímetros en un espacio de 75 km.  
Dentro de la región de los bosques subantárticos, se pueden distinguir cuatro distritos: hacia el norte, el Distrito del Pehuén está definido por los bosques de esta araucaria nativa. Otros árboles de gran porte de esta zona son el roble pellín y el raulí.  
El Distrito del Bosque Caducifolio, se extiende a lo largo de toda el área andino-patagónica y limita hacia el este con la estepa patagónica. Los árboles predominantes son el ñire, propio de orillas de mallines y turbales, y de zonas de altura; y la lenga, que en los pisos superiores de las montañas crece en forma achaparrada, como consecuencia del viento  y del peso de la nieve que se acumula en el invierno. En el otoño, antes de perder su follaje, estas dos especies cobran tonalidades amarillas, cobrizas o anaranjadas, brindando un espectáculo de inusual belleza.  
El Distrito Valdiviano comienza desarrollarse donde las lluvias superan los 1.500 milímetros anuales. La especie dominante es el coihue. Este imponente árbol, de hasta 40 metros de altura y 2 metros de diámetro en el tronco, crece desde 500 a 750 m.s.n.m. (nivel de los lagos), hasta los 900 metros, donde comienza el lengal.  
Es distrito Magallánico es el más austral; aquí el coihue cede paso a otra especie muy similar, pero mejor adaptada a un clima más riguroso: el guindo. Este árbol siempre verde, de hasta 35 metros de altura, suele crecer acompañado por lengas, ñires y canelos. Son típicos de este distrito los turbales, espacios anegados cuyas aguas ácidas, en combinación con la temperaturas bajas, reducen al mínimo la acción de microorganismos descomponedores.  
Entre las especies exclusivas de estos bosques se destaca el pájaro carpintero negro patagónico, el mas grande en tamaño del país.  
Los ambientes acuáticos del bosque tienen una avifauna muy atractiva, con macáes como el plateado y el huala; y anátidos como cisnes, patos y cauquenes. La ictiofauna de los lagos andino patagónicos cuenta con varias especies autóctonas como el puyén, la trucha criolla y el pejerrey patagónico. Estos han sufrido una notable disminución con la introducción de peces exóticos como la trucha.  
En este espectacular Bosque Andino Patagónico se encuentran los siguientes Parques Nacionales: Lanín, Nahuel Huapi, Arrayanes, Lago Puelo, Los Alerces, Perito Francisco P. Moreno, Los Glaciares, y Tierra del Fuego.

Estepa Patagónica  
La Estepa Patagónica se extiende desde la Cordillera de los Andes hasta el Océano Atlántico, en el tercio sur del país. Este extensa región se presenta como una sucesión de mesetas y terrazas planas o suavemente onduladas, cubiertas por arbustos bajos y gramíneas.  
La vegetación presenta adaptaciones para sobrevivir con fuertes vientos y déficit hídrico prolongado. Los pastos como el coirón suelen crecer en matas bajas, y tienen hojas duras y compactas. La defensas contra los herbívoros incluyen la presencia de espinas, resinas y esencias, que las tornan desagradables como alimento.  
Como esta región es tan extensa, abarcando unos 750.000 km. cuadrados, la composición de la estepa arbustiva varía. En la provincia de Chubut predomina una vegetación muy rala y baja, que deja la descubierto un sesenta y cinco por ciento del suelo; más hacia el sur, en la provincia de Santa Cruz, aparece una estepa abierta en donde el quilembai es reemplazado por al mata negra, un arbusto de follaje oscuro de más de medio metro de alto.  
En la zona de la Cordillera y a medida que se gana altura, la estepa arbustiva desaparece dando paso a extensos pastizales de coirón blanco.  
Los ambientes acuáticos de la estepa concentran una intensa biodiversidad. Las vegas o mallines se caracterizan por la presencia permanente de agua, que permite el desarrollo de una densa alfombra verde de junquillos y otras hierbas tiernas de menor tamaño. Tienen su fauna particular, destacándose aves como las agachonas y la becasina.  
En esta área se encuentra el Parque Nacional Laguna Blanca (en Neuquén, región patagónica andina), y el Monumento Natural Bosques Petrificados (en Santa Cruz, región patagónica atlántica).

Andes Fueguinos  
Los Andes fueguinos corren de oeste a este, como los vientos del territorio. Son montañas que no superan los 1500 m.s.n.m. y cuya altura disminuye hacia la zona oriental de la región, sumergiéndose en el mar para transformarse en una cordillera submarina, donde sobresalen las islas de los Estados, Georgias, Shetland y Orcadas. En la Antártida, el continente blanco, los Andes afloran con el nombre de Antartantes.  
En las latitudes fueguinas, las glaciaciones fueron intensas y en el paisaje se observan numerosas morenas y surcos abiertos por causa de los grandes hielos, que posteriormente fueron llenados por las aguas como el Lago Fagnano y el Canal de Beagle (en Tierra del Fuego).  
Las montañas fueguinas se elevaron hasta hace 56 millones de años, depositándose sedimentos que originaron yacimientos de carbón y de petróleo.  
Todos los lagos de la región cordillerana son de origen glaciario. Hace unos treinta mil años, durante las glaciaciones, una enorme masa de hielo descendió de las montañas y excavó las cuencas de lagos. Luego diez mil años, la tierra volvió a poseer un clima más templado y los hielos glaciarios se fundieron formando los lagos actuales.

Turbales  
Los turbales o turberas son un rasgo característico del paisaje de la región, sobre todo hacia el sur. La turba está constituida por restos vegetales, principalmente de musgos del género Sphagnum, y de algunas gramíneas y juncáceas acumuladas, comprimidos en depresiones del relieve. El proceso de formación de turba sólo es posible en ambientes húmedos, donde se registran bajas temperaturas que impiden la descomposición de la materia orgánica. De este modo, bajo presión y en un ambiente sin oxígeno y ácido, se produce una lenta descomposición de las plantas que mueren y se acumulan, lo que da como resultado la turba.