Clima
Los límpidos cielos de la región cuyana, con aire diáfano, raramente se nublan y, salvo en las alturas, la región posee un clima muy agradable durante todo el año, hasta en el propio invierno.
El clima seco de la región y los inviernos fríos favorecen al crecimiento de la vid, y en los veranos, pese al calor, la altura donde se ubican los cultivos ayuda a mantener su calidad para la elaboración de vinos, apreciados internacionalmente.
En la zona de los Andes como en las regiones desérticas, durante el año puede apreciarse un gran calor de día y mucho frío de noche.
El Zonda es un viento cordillerano intenso y característico de esta región cuyana, que se produce especialmente en invierno y que sopla en la región. Proveniente de una masa de aire marítimo del Océano Pacífico, descarga su humedad al otro lado de la cordillera en forma de nieve en las cumbres y lluvias en las laderas, pasando en forma fría y seca a la región, pero al descender hacia las llanuras, la expansión de la masa de aire se comienza a calentar fuertemente, a razón de un grado centrígrado cada cien metros de descenso hacia el nivel del mar. Su nombre proviene de una quebarada ubicada en San Juan, cercana a la capital de dicha provincia cuyana.

Flora
Se destacan los bosques petrificados y las araucarias que crecen por encima de los mil metros sobre el nivel del mar, en la zona de la Cordillera de los Andes, con una excelente calidad de madera.

Fauna
Entre la fauna se destacan el cóndor, el flamenco andino, el puma, y diversos tipos de gatos.
En la Reserva de San Guillermo, en la provincia de San Juan, se protegen especies como la vicuña, la alpaca y el suri.   

Geografía y Relieve
La región está compuesta por tres sistemas orográficos, que conforman la zona occidental, la más elevada de la región. De Este a Oeste se registran los siguientes sistemas: la Precordillera de San Juan y Mendoza, con sus cumbres chatas y planas que son el resultado de la erosión que soportaron durante muchos años. El plegamiento andino las elevó y les dejó fallas, que fueron cubiertas posteriormente por sedimentos y sirvieron de asiento a las principales ciudades de la región. 
Luego encontramos la Cordillera Frontal, que se desprende desde el Sur de la Puna y después de recorrer unos 800 kilómetros se pierde en el Sur de la provincia de Mendoza, cubierta por sedimentos más modernos.
El último encadenamiento corresponde a la Cordillera Principal o del Geosinclinal, que en gran parte de su desarrollo sirve de apoyo al límite internacional argentino-chileno. Esta región presenta las mayores alturas de todo el continente americano: el Aconcagua (6959 m.s.n.m., la cumbre más alta del hemisferio occidental), Tupungato (6635) Mercedario (6770), Sosneado (5189), y Campanario (4049), entre otras. Los pasos  cordilleranos se encuentran a gran altura y son de difícil accesibilidad. 
En la parte sur de la provincia de Mendoza se desarrolla un paisaje de transición hacia la región patagónica: la payunia. Esta se presenta con un relieve amesetado y con algunas elevaciones aisladas, que deben su origen a procesos volcánicos.
Para superar las elevaciones montañosas, los cursos de agua profundizan sus cauces y se encajonan para dar lugar a la formación de imponentes gargantas. El llamado Cañón del Atuel, es la muestra más acabada de este proceso. Asimismo, los desniveles que presentan estos desfiladeros se han aprovechado para la construcción de una serie de represas para la obtención de energía hidroeléctrica y la regulación del caudal.